Un año después de convertirse en Spider-Man, el adolescente Peter Parker es confrontado por Nick Fury, quien le ofrece una oportunidad de entrenar con S.H.I.E.L.D. para convertirse en "Ultimate Spider-Man" y unirse a un equipo de superhéroes que estaba siendo unido. Después de rechazar la oferta, Spider-Man pronto se da cuenta de que puede llegar a necesitar al equipo de héroes de Fury para pelear contra las amenazas que el enfrenta cuando los Cuatro Terribles (conformados por Mago, Thundra, Trampero (capturado) y Klaw) atacan la preparatoria Midtown por órdenes del Doctor Octopus y Norman Osborn, quienes, gracias al Trampero, supieron que el alter ego de Spider-Man iba a la escuela.
